La investigación en el Centro EULA-Chile se desarrolla a través de las Unidades de Investigación, integrando las especialidades individuales al contexto interdisciplinario característico de las Ciencias Ambientales.
Las líneas de desarrollo de investigaciones se centran en:

• El estudio de procesos que ocurren en las cuencas hidrográficas, incluyendo aquellos que afectan la calidad de agua, ciclos biogeoquímicos, biodiversidad, bioindicadores de calidad ambiental y modelación, así como también los impactos del cambio climático sobre los recursos hídricos, para apoyar la gestión sustentable de las cuencas.
  
• El análisis de los procesos que ocurren en las ciudades con un enfoque de ecología urbana y del paisaje, la búsqueda e identificación de indicadores de calidad de vida, pobreza, desarrollo rural indígena, además de la incidencia de procesos ambientales en la demografía. El análisis económico de la toma de decisiones ambientales, también forma parte del eje de la investigación.
  
• La investigación aplicada a procesos menos contaminantes, el análisis y remediación de sitios contaminados, el diseño de bioprocesos para el tratamiento de efluentes, la modelación de la dispersión de contaminantes emitido a la atmósfera y la relación entre medio ambiente y fuentes de generación de energía.
  
• Los resultados de las investigaciones se reflejan en publicaciones científicas a nivel nacional e internacional, accesibles a la comunidad científica, a los responsables de la planificación y de tomar decisiones en las instituciones públicas, al empresariado y al público en general.