El Departamento de Sistemas Acuáticos, prosee el laboratorio de Química Ambiental, el área de Biología Ambiental y la Unidad de Muestreo (UME).
Este laboratorio de Ensayos cuenta con 3 secciones correspondiente a: Sección de Espectrofotometría de Absorción Molecular (EAM), Sección de Cromatografía y Sección de Espectrofotometría de Absorción Atómica (EAA), que permiten analizar más de 120 parámetros en matrices de agua superficial, efluentes industriales (RIL), aguas subterráneas, aguas marinas, sedimentos, suelos, organismos y otras matrices misceláneas.
El Laboratorio está especialmente dedicado a la determinación de los parámetros solicitados por las Normas Chilenas siguientes:
El área de Biología ambiental cuenta con 8 laboratorios a) Fitoplancton y Fitobentos; b) Biomarcadores y Contaminación Ambiental; c) Ecosistemas costeros y cambio ambiental global; d) Química acuática; e) Ecología y Conservación de Peces de Agua Dulce; f) Biodiversidad y Conservación de Recursos Acuáticos; g) Bioindicadores de Calidad de Agua; j) Sedimentología
En este laboratorio se realiza investigación sobre taxonomía y ecología de microalgas de ecosistemas acuáticos continentales. En siete ejes: 1) Identificación taxonómica de microalgas de aguas continentales (análisis taxonómicos y moleculares de las especies); 2) Microalgas como indicadoras de calidad del agua de ecosistemas acuáticos (participa anualmente en el Programa Nacional de Evaluación de la Calidad Externa en Cuantificación e Identificación de Fitoplancton del Instituto Nacional de Salud Doctor Ricardo Jorge, Lisboa, Portugal); 3) Floraciones de cianobacterias y cianotoxinas (en fuentes de agua potable y recreativas); 4) Identificación y cuantificación de otras algas nocivas; 5) Estudios paleolimnológicos con diatomeas; 6) Muestreo en la columna de agua y bentos.
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En este laboratorio se estudian las respuestas bioquímicas de organismos a estresores químicos en el ambiente acuático. En particular, se analizan diferentes indicadores de exposición y efectos de contaminantes en organismos vertebrados e invertebrados, respuestas como el estrés oxidativo, efectos de pesticidas, y de alteraciones reproductivas, además del análisis de residuos de contaminantes y el desarrollo de nuevos sistemas de muestreo como los muestreadores pasivos, un sistema que permite la observación de contaminantes en bajas concentraciones en los sistemas acuáticos fluviales y costeros.
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El ECCA Lab se enfoca en investigación interdisciplinaria en el área del cambio global y los ecosistemas marinos costeros con el fin de proporcionar información para la gestión sostenible de los recursos marinos y las estrategias de adaptación al cambio global de las comunidades costeras que dependen de los servicios ecosistémicos proporcionados por el océano. Nuestros enfoques metodológicos combinan la oceanografía observacional y la biogeoquímica del carbono, el uso de experimentos de campo y laboratorio evaluando diferentes rasgos fisiológicos (e.g. alimentación, respiración, crecimiento, entre otros), complementados con el uso de diferentes herramientas, como isótopos estables o ácidos grasos, así como trabajos de síntesis. Nuestro trabajo experimental se centra en un amplio espectro de organismos marinos, desde bacterias, fitoplancton, holoplancton (copépodos) hasta estadíos larvales e individuos adultos de invertebrados marinos intermareales o submareales.
Nuestra web http://eccalab.udec.cl/
El Laboratorio de Química Acuática (de reciente formación; año 2021) investiga la interacción química de nutrientes y emisión de metano en sistemas acuáticos continentales. Contribuye además a la investigación de monitoreos comunitarios de la calidad de agua en zonas rurales a través de análisis fisicoquímicos y de iones mayores en aguas superficiales y subterráneas.
El Laboratorio de Ecología y Conservación de Peces de Agua Dulce (LEC-PAD) es un espacio de investigación científica especializado en el estudio de la ictiofauna que habita ríos y lagos de Chile basado en experiencia de campo, toma de muestras, análisis de laboratorio y experimentación. LEC-PAD cubre análisis en todos los niveles de biodiversidad, desde el nivel genético (intraespecífico) al nivel ecosistémico para comprender los efectos de múltiples estresores antrópicos a los que están sometida esta fauna y los ecosistemas que habita. Por último, el LEC-PAD utiliza este conocimiento científico para el diseño e implementación de medidas de manejo incluyendo medidas de mitigación, restauración y compensación, en un ambiente inter y transdisiplinario.
.En este laboratorio se realizan análisis de estructura y funcionamiento comunidades de invertebrados acuáticos bentónicos y medición de sus variables de hábitat. Paralelamente se desarrollan actividades de investigación en limnología, ecología y conservación de biodiversidad acuática. A través de estos análisis se buscan evaluar cambios derivados de estresores antropogénicos en los ecosistemas acuáticos, y proponer medidas de conservación.
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En este laboratorio se realizan análisis de muestras biológicas: Macroinvertebrados bentónicos y Zooplancton, asociado a variables ambientales como tipo de sedimentos (granulometría, materia orgánica y contaminantes), variables ambientales asociados a la calidad del agua, modificaciones de hábitat e influencia del entorno (vegetación de ribera, uso del suelo, etc.). Sobre esta base realiza investigación en ríos y lagos, efectos de modificación de hábitat, funcionalidad ecológica y cambio climático.
En este laboratorio se realizan análisis granulométricos de muestras de sedimento o suelo y determinación del contenido de materia orgánica en sedimentos lacustres. Paralelamente se desarrollan actividades de investigación en limnología, paleolimnología y cambio climático. A través de estos análisis se busca evidencia de cambios ambientales tanto antrópicos como naturales.
El Centro EULA-Chile cuenta con una unidad especializada en labores de terreno medición de parámetros in situ, toma de muestras de agua, riles, sedimentos, muestras biológicas, suelos, acreditada como Organismo de Inspección bajo la norma NCh 17.020:2012 desde julio 2018
El equipo humano se encuentra conformado por Inspectores Ambientales (reconocidos por la SMA) laborantes y muestreadores de terreno, de vasta experiencia. Está dotado de equipamiento e instrumental necesario para el trabajo de terreno y así cumplir con las exigencias de las distintas áreas involucradas en la problemática ambiental. Además, apoya las tareas de investigación y docencia. Esta unidad se encuentra acreditado ante el INN bajo la Norma Chilena 17025 of 2005, desde febrero de 2011.
Doctor en Ciencias Ambientales 
Doctor en Recursos Naturales 
Doctor en Ciencias Ambientales 
Doctor en Ciencias Ambientales 
Doctor en Ciencias Ambientales mención Zoología 
Doctora en Ciencias Ambientales 
Doctor en Ciencias mención Zoología 
Doctor en Oceanografía 
Magister en Gestión Integrada 
Los proyectos de investigación son un factor fundamental de la productividad científica de la unidad y por consiguiente del Centro. Sus resultados sirven de base para la elaboración de diversas publicaciones, transferencias tecnológicas, docentes y de extensión.
Son variadas las fuentes de financiamiento de los proyectos de investigación desarrollados por la unidad, entre las cuales destacan:
Proyectos de investigación de la Unidad 
La Unidad desarrolla investigación en ecosistemas acuáticos continentales y marinos, orientada a los efectos de las actividades humanas sobre los componentes bióticos y abióticos y sus interacciones. Esta Unidad está integrada por Biólogos, Biólogos Marinos, Bioquímicos y Químicos. Además, recibe el apoyo directo e interactúa con Ingenieros Hidráulicos, Ingenieros Químicos, Geógrafos, Geólogos e Hidrogeólogos.
El objetivo principal es obtener una visión amplia e integradora de la estructura y funcionamiento de los sistemas acuáticos continentales y marinos, otorgando especial atención a las diversas influencias e impactos de actividades humanas (asentamientos humanos, industriales y de infraestructura) sobre estos sistemas.
Publicaciones generadas por la unidad