El objetivo de la Sociedad Chilena de Limnología (ex Comité Limnológico Nacional), es la investigación, fomento, difusión y aplicación, del conocimiento de los ecosistemas acuáticos continentales de Chile. Entre las múltiples actividades que desarrolla esta Sociedad, destacan las siguientes:

Promover y difundir el conocimiento sobre los ecosistemas acuáticos continentales de Chile, además del intercambio de información, con otras organizaciones nacionales, extranjeras o internacionales, gubernamentales o privadas, a través de informes técnicos, publicaciones científicas, talleres y congresos.

Participar en el desarrollo y coordinación de proyectos científicos en el campo de la limnología, así como en la redacción y elaboración de cuerpos de normas regulatorios de las actividades relacionadas con los sistemas acuáticos continentales.

Emitir opiniones, informes científicos y técnicos, sobre el estado y tendencias de los cuerpos acuáticos y recomendar medidas de manejo.

Promoción de iniciativas legislativas orientadas al conocimiento y protección de los ecosistemas acuáticos continentales chilenos, propendiendo a su utilización racional de modo que no se altere su estado de conservación.